Первое письменное упоминание о деревне относится к 1563 году, когда эти земли и проживавшие на ней крестьяне были внесены в писцовые книги Обонежской пятины. В одной из книг деревня называется Самсонково посиденье. Согласно писцовым книгам тогда в деревне было четыре хозяйства: Микула Захаров, Онитка Савин, Тимошак Яковлев и Филипко Семёнов. С началом войны между Швецией и Россией в 1570 году шведские войска неоднократно разоряли Карелию. По приказу короля Швеции Юхана III в 1580 – 83 гг. был совершён набег на Олонец, во время которго Кинерма была сожжена.
Кинерму восстановил сын Микулки Захарова – Кирилл.
Кинерма была разрушена во второй раз в 17 веке польско-литовскими войсками. Сын Кирилла Захарова Миихкали возродил деревню из руин. Пережив набеги иноземцев, пожары и разорения, она до наших дней сохранила свой исторический облик. И сегодня в Кинерме можно встретить потомков старинных карельских родов – основателей деревни.
Всем миром отстояли местные жители и часовню Смоленской Богоматери, что до сих пор величаво стоит в центре Кинермы. Место святое и по дошедшей до нас легенде cказывают, что обронил в поле доблестный воин свой крест. Подобрали его местные и отнесли в другое место, но на следующее утро он снова лежал там, где его нашли. Так было несколько раз, пока крест не обрел свое место. На том месте и решили строить часовню.
А это уже не легенда: часовню строил один мастер 200 лет тому назад. Был он швед или финн, так как только они делали срубы из отесанных, а не круглых бревен.
В Кинерме из поколения в поколение передавалось сказание о чудесном явлении иконы Смоленской Богоматери, о ее чудотворной силе. Икона была окружена особым почитанием не только среди местных жителей; к ней приходили на поклонение издалека.
О банях разговор особый. Это гордость крестьянского бытового строительства. Топятся по-черному. Отказ от бань по-черному означал переход на более состоятельную ступень проживания. Но вся прелесть в том, что бань по-черному на Руси почти не осталось, и они воспринимаются как нечто экзотическое.
Дом Егоровых — традиционный пятистенок с пятью окнами: два в горнице, три в пертти — большой комнате. Хозпостройки обычно располагались позади дома. Егоровы, пристроили их сбоку, помешал обрыв. Под одной крышей разместились хлев, сеновал, сарай, два коридора с чуланами. В верхнем чулане всегда хранили молоко, масло, хлеб и крупы. Внизу Егоровы складировали соленую рыбу и мясо, моченую бруснику, соль, держали необходимые инструменты.
В горнице слева — старинный сундук, над ним посудник (деревянные полки для посуды). Справа — русская печь, кровать и буфет. Вдоль стен — скамейки. В коридоре белые натертые песком некрашеные полы.
Кто был в Кижах, помнит свои первые ощущения. Здесь они во сто крат сильнее. Потому что это пока не музей, а обычный карельский дом, в котором до сих пор живут и свято берегут тепло его бывших обитателей.
С 2001 года действует международный проект по сохранению и возрождению деревень Ведлозерского края "Ведлозерье. Кинерма". Он направлен на сохранение и развитие исторической деревни Кинерма, включая сохранение архитектурного наследия, развитие местной традиционной культуры, создание условий для развития культурного туризма. По инициативе сестер Калмыковых, которые родились в Кинерме, создано частное предприятие, осуществляющее прием туристов. Среди объектов туристской инфраструктуры отреставрированная баня по-черному, приспособленный под этнокультурный центр традиционный крестьянский дом, оформленная под столовую хозяйственная часть дома-комплекса, воссозданный исторический амбар для продажи сувенирной продукции, традиционный колодец, изгороди и т.д.
У каждой деревни издавна был свой день, который отмечали всем миром. Ежегодный праздник Кинермы – 10 августа – день Смоленской Богоматери.